2010-2011 sezonunda Fenerbahçe teknik direktörlüğüne getirilmiştir. Fenerbahçe Teknik Direktörü Aykut Kocaman, sarı lacivertli kulüpte en fazla galip gelen teknik direktör olma unvanını yakaladı. Spor Toto Süper Lig'de Fenerbahçe'nin başında 39 maça çıkan Aykut Kocaman; 30 galibiyet, 5 beraberlik ve 4 mağlubiyet ile yüzde 76.9'luk bir galibiyet oranı elde etti.

1995-1996 sezonunda Fenerbahçe'yi şampiyon yapan Carlos Albeto Parreira, 38 maçta 28 galibiyet, 6 beraberlik ve 4 yenilgiyle yüzde 76.4'lük bir galibiyet oranı yakalamıştı. 2012 senesinde Fenerbahçe'nin 29 yıllık Ziraat Türkiye Kupası hasretine son vermiştir.2013 yılında ligi 2.sırada bitirmiş olup Ziraat Türkiye Kupası'nı bir kez daha müzesinde götürmüştür.

Bu dönemde en büyük başarısınıda 2012-13 UEFA Avrupa Ligi'n de takımı yarı finale çıkarmaktır. Fenerbahçe tarihinin en büyük Avrupa başarısıdır.2012-2013 yılında takımıyla beraber 60 maçın üzerine çıkmış olup bu anlamda da bir rekor sahibidir. 2010-2011 sezonunda son 17 maçın 16'sını kazanan takımın teknik direktörüdür. Fenerbahçe tarihinde üst üste en fazla lig maçına çıkan teknik direktör olmuştur. Göreve gelişinin 3. sezonunun 9. haftasına kadar takımı evinde yenilmemiştir. 29 Mayıs 2013 tarihinde Fenerbahçe'den istifa etmiş ve istifası yönetim tarafından kabul edilmiştir.

Aykut Kocaman, Arzu Kocaman ile evli olup Ekin ve Yağmur adında 2 kız çocuğu vardır. Aykut Kocaman her zaman kibar bir insan ve gerçek bir profesyonel olarak adlandırılır.